Überprüfen, ob die physikalische Datei im Storage vorhanden ist und falls ja, dann löschen:

if($model->getPdf() && $document->getPdf()->getOriginalResource()->getStorage()->getFile($model->getPdf()->getOriginalResource()->getIdentifier())->isMissing() == FALSE) {
   $model->getPdf()->getOriginalResource()->getStorage()->deleteFile($model->getPdf()->getOriginalResource());
}

Achtung, folgender Aufruf liefert immer FALSE zurück:

$model->getPdf()->getOriginalResource()->isMissing()

Daher muss das Vorhandensein der Datei auf diese Art geprüft werden:

$model->getPdf()->getOriginalResource()->getStorage()->getFile($model->getPdf()->getOriginalResource()->getIdentifier())->isMissing()